⇒00

■プロローグ
⇒01

■スタンドの中にいる人たちと話したあと、ウイリーと最初のポケモンバトル。

■入り口でヘボイを倒し、パートナーを仲間にする。
⇒02
■市長の家に行ってバックレー市長と話す。
⇒03
■スタジアムへ行き、受付終了の話を聞く。外に出て、スナッチ団のヤッチーノとバトル。
■ショップ1階にいる女性または2階の男性から、町外れのスタンドにモンスターボールが売っていることを聞く。

⇒04
■マスターからモンスターボールを5個もらう。

■市長の家でヘボイ・トロイとバトル。
■街の出口を塞いでいるベルデ・ロッソ・ブルーノのうち1人とバトル。

⇒05
■未完成のラルガタワーを見て、パイラタウンへ。

■コロシアムの受付にいる男と話し、ダークポケモンの手がかりを聞く。
■マサに話しかけてバトル。
■ギンザルの家に行き、隠し部屋にいる子どもたちと話す。
⇒06
⇒07
■風車小屋に行き、おやっさんの話を聞く。

■落ちているはぐるまを拾う。

■風車小屋にはぐるまを戻し、パイラコロシアムの電力を復活させる。ギンザルと話し、頼みを聞く。
■パイラコロシアムで優勝する。
⇒08
■橋で待ち構えている戦闘員にパイラのビルまで案内してもらう。
⇒09
■パイラのビルの屋上でミラーボの手下を倒し、シルバを助ける。
■洞窟の入り口にいるトレーナーを倒し、パイラのどうくつへ。
⇒10
■パイラの洞窟最深部にいるミラーボを倒し、プラスルを助ける。
■ギンザルの家でプラスルを仲間にする。
⇒11

⇒12
■ローガンの家でダークポケモンについて話す。
⇒13
■聖なる森の奥でコワップを倒す。
■ビルボーから、セレビィと時の笛についての話を聞く。
■ローガンからちいさなせきばんを受け取る。
⇒14
■バトル山が襲撃されているという、ギンザルからのメールを受信する。

■9人の手下を倒し、シャドー幹部ダキムと対決。バトル勝利後にF-ディスクを入手。
■セネティから時の笛をもらう。

⇒15
■バトル山での事件をローガンに話す。

■ミラーボの手下を逮捕したという、ヘッジ署長（もしくはギンザル）からのメールを受信する。

■警察署へ行き、机の上で光っているろうやのカギを取る。
■スーラとブレスがいるろうやを開け、ブレスからエレベーターのカギを取る。
■パイラのビルの1Fでエレベーターのカギを使い、アンダーへ行く。

⇒16
■宿屋の２階からジャンク屋に行き、ザックからきょうかパーツを受け取る。
■スレッドの家できょうかパーツを渡す。
⇒17
■エレベーター前で2人の戦闘員を倒す。
■囚われているシルバに話しかけ、R-ディスクを入手。
■R-ディスクを使ってUFOに乗り、テレビ局へ。ヴィーナスと対決。
■逃げるヴィーナスを追って、地下鉄へ行く。地下鉄に乗ろうとするヴィーナスを追う。
■地下鉄の中を調べる。ヴィーナスが落とすちかてつのカギを拾う。
■地下鉄を動かして研究所の地下へ行く。メインゲートキーを拾って戻る。

⇒18
■メインゲートキーを使って、研究所内に入る。
■研究所の右側に入り、左側のロックを解除する。
■研究所左側の地下1階で研究員を倒し、カードキーを入手。
■研究所右側の地下2階で研究員と戦い、ちかつうろのカギを入手。
■ちかつうろのカギで地下1階の中央の扉を上げる。
■研究所の各場所に落ちている3つのDNAサンプルを拾う。
■地下2階のDNA解析装置でDNAサンプルを解析する。
■持っているDNAサンプルと同じポケモンの絵柄を選び、地下2階の扉を開ける。
■ボルグを倒し、データロムを入手。

■スレッドにデータロムを渡す。

⇒19
■4人のシャドー幹部を倒し、IDバッジを入手。
■ローガンからメールが届いたらアゲトビレッジに戻り、マスターボールを入手。
⇒20
■スナッチ団ボスのヘルゴンザと対決。
■ラルガタワーコロシアムでの4連戦に勝利する。
■ジャキラとバトル。
■シャドーのボス、ワルダックとバトル。

■スタッフロール

⇒AE01
■レンからメールが届く。レンに話を聞き、マサとのバトルに勝利してダークポケモンの情報を得る。

⇒AE02
■アジトの一番奥で、ベルデ・ロッソ・ブルーノの誰かとバトル。

■スレッドの話を聞き、ジャンク屋の前にいるザコルと戦う。ダークポケモンの情報を聞く。

■研究所の一番奥で、ベルデ・ロッソ・ブルーノの誰かとバトル。

■ヘルゴンザとふたたびバトル。エアームドをスナッチできればD-ディスクを入手。

⇒AE03
■D-ディスクを使ってUFOに乗り、ボトムコロシアムへ行く。
■4人のシャドー幹部に勝ち抜き、ボトムキングのゾルダンと対戦。ツボツボをスナッチ。

⇒AE04
■ダークポケモンを47匹スナッチしたあと町外れのスタンドに行き、にせ主人公のフェイクと対決。トゲチックをスナッチし、48匹すべてのダークポケモンをそろえる。

⇒AExx