⇒00

■プロローグ
⇒01

■所長室でリリアとクレイン所長と話し、リリアからマナを探してくるよう頼まれる。
■自分の部屋で「P★DA」を入手。
⇒02
■2Fの部屋で隠れているハイドを見つけ、マナが行きそうな場所を教えてもらう。全体マップに“カミンコ博士の屋敷”が追加される。

■屋敷の前でカミンコの助手チョビンとバトル。
■カミンコ博士の研究室でマナに話しかけ、ポケモン総合研究所へ連れて帰る。

⇒03
■帰りを待っていたリリアと会話。クレイン所長のところへ行くように言われる。
■所長室でおじいさんに話しかけ、所長の行き先を聞く。
■1Fの部屋にいるクレイン所長を見つけ、完成したばかりの「スナッチマシン」を装着。ジョシュアからP★DAに「ダークポケモンモニター」を追加してもらい、「モンスターボール×5」をもらう。
■クレイン所長が何者かに襲われる。
■研究所の外で謎の戦闘員ナップスとバトルになり、初めてのダークポケモンをスナッチ。クレイン所長が連れ去られる。
⇒04
■主人公の家2Fにいるリリアからおつかいを頼まれ、マナと一緒にパーツショップへ行くことに。全体マップに“アイオポート”が追加される。
■ジョシュアから「クレインメモ1～2」を入手。

■あらくれもののザクスカにからまれ、メチャリッチ一行に助けられる。
⇒05
■パーツショップへ向かう道でエミリとエマに会う。
■パーツショップで店番をしている航海士の話につきあい、「みずのいし」「かみなりのいし」「ほのおのいし」「つきのかけら」「たいようのかけら」いずれか1つをもらう。
■桟橋でザックと会話。橋の修理が完了し、ザックがパーツショップに戻る。
■パーツショップで「マシンパーツ」を入手。
⇒06

⇒07
■ジョシュアから「クレインメモ3～5」を入手。
■主人公の家2Fにいるリリアに「マシンパーツ」を渡す。リリアから聖なるほこらへ行くように頼まれ、全体マップに“アゲトビレッジ”が追加される。

■ローガンの家でセツマと会話中にローガンが帰宅。
⇒08
■聖なるほこらへ続く洞窟で4人のトレーナーとバトル。4人目のトレーナーから「コロンケース」をもらう。
■ローガンとバトル後、聖なるほこらで初めてのリライブ。
■ローガンの家で怪しい集団のうわさを聞く。詳しい話を聞きにセネティを訪ねることになり、全体マップに“バトル山”が追加される。

■メチャリッチのお供、エルデスと再会。
⇒09
■受付のお姉さんに事情を話してバトル山に入り、3つ目のブースでセネティを見つける。
■セネティから砂漠の施設の話を聞き、全体マップに“謎の施設”が追加される。

■六つ子ブラザーズの最低1人を倒す。
⇒10
■ラボに潜入。
■B1でシャドー研究員のヘリコを倒し、「IDカード」を入手。
⇒11
■「IDカード」でエレベーターに乗り、クレイン所長が監禁されている部屋へ。シャドー戦闘員のナップスを倒してクレイン所長を救出。
■B1でシャドー幹部のラブリナとバトル。「データロム」を入手して脱出。

■リライブホールが完成。
⇒12
■リリアから「データロム」の解析の様子をバスターに聞いてくるように頼まれる。
■研究所の外でバスターを発見。クレイン所長からONBSのスレッドに「データロム」を届けるように頼まれ、全体マップに“パイラタウン”が追加される。

⇒13
■ONBSビル2Fで責任者のレンと会話。
■ONBSビル2Fで迷子の女の子を見つけ、母親探しを引き受ける。
■ONBSビル2Fのスタジオでニュース放送を見る。
⇒14
■ONBSビル3Fで迷子の女の子の母親を見つけ、「やすらぎのすず」をもらう。
■ONBSビル屋上の部屋でスレッドに会い、「データロム」を渡す。解析を待つ間、ポケスポットの見学に行くことになり、全体マップに“岩場”が追加される。

⇒15
■ギンザルから野生ポケモンを誘い出す方法を指導され、「ポケまんま×10」を入手。P★DAに「スポットモニター」を追加してもらう。2つ目のポケスポットを教えてもらい、全体マップに“オアシス”が追加される。

■「ナックラー」「アメタマ」「ウパー」を捕まえてほしいというギンザルの頼みを聞き、3つ目のポケスポットを教えてもらう。全体マップに“洞窟”が追加される。

■さすらいのミラーボとバトルし、「ミラーボレーダー」を入手。
■スレッドからメールが届き、データロムの内容を聞きにパイラタウンへ戻ることに。

⇒16
■ONBSビルをシャドーが占拠。
■スレッドの部屋でシャドー戦闘隊長のダカッチャとバトル。
■スレッドからシャドーの襲撃計画を聞き、全体マップに“フェナスシティ”が追加される。

⇒17
■来訪100万人目の記念品として「ディスクケース」「バトルディスク01」「バトルディスク07」「バトルディスク20」をもらい、全体マップに“ラルガタワー”が追加される。

■ヘボイとトロイを見かける。

■市長の家で留守番のお姉さんと会話。
⇒18
■民家で「おんがくソフト」を入手。
■市長の家で留守番のお姉さんに「おんがくソフト」を渡し、2Fの部屋で「しちょうのてがみ」を入手。
⇒19
■トレトレで偽セイギとバトル。
■おじいさんに化けているシャドー戦闘員のヨリンを倒し、スタジアムへ。
■シャドー幹部のワズルを倒し、「エレベーターキー」を入手。
■トレトレのコントロールパネルで「エレベーターキー」を使い、地下に閉じ込められている住人を救出。
■セイギから北の砂漠の怪しい集団の話を聞き、全体マップに“？？？（リブラ号）”が追加される。
■市長の家で、ダグデから「がくしゅうそうち」をもらう。
⇒20

■北の砂漠へ向かう途中でスクーターが砂に埋まり、進めなくなって引き返す。

⇒21
■スレッドからメールが届き、ポケモン探索依頼の話を聞きに行くことに。

■ONBSビルのスレッドの部屋で、新種のポケモン・ウソハチの捜索を引き受ける。
■砂漠を越える方法をザックに相談するよう、スレッドとクロにすすめられる。

■パーツショップのザックにスクーターの件を相談。改造パーツに詳しいルースを探しに行くことになる。

⇒22
■カミンコの助手チョビンとバトル。
■メカ・グラードンのチョビンとバトル。
■地下の秘密工場でルースにスクーターの改造を依頼。メカ・カイオーガを引き上げ、店に戻ることに。

■ルースがスクーターをホバータイプに改造し、北の砂漠を越えられるようになる。

■セイギからメールが届き、トレトレが再開。
■甲板でシャドー戦闘員のスグルとバトル。
⇒23
■操舵室に住む男に、船底の調査を頼まれる。
■船底でウソハチを発見。
■エマから届いたメールの音に驚き、ウソハチが逃げてしまう。ウソハチの「たべのこし」を入手。
■操舵室の男に報告。ウソハチがポケスポットに出現するようになる。
■スナッチ団にに「スナッチマシン」を盗まれる。
■操舵室の男にスナッチ団が向かった場所を聞き、全体マップに“？？？？（シャドーの秘密工場）”が追加される。

■あらくれもののザクスカとバトル。
■レンからメールが届き、頼み事を聞きにパイラへ行くことに。

⇒24
■ONBSのレンからダニーという男に会ってほしいと頼まれ、全体マップに“町外れのスタンド”が追加される。

■さすらいのミラーボとバトル。
■ダニーの話を聞き、ダーク・トゲピーを預かる。
■レンからメールが届き、スナッチ団の情報を入手。ダニーの説明で、全体マップに“スナッチ団アジト”が追加される。

⇒25
■ダグデからメールが届き、ラルガコロシアムが再開。
■スナッチ団のボスのヘルゴンザとバトル。「スナッチマシン」を取り返し、「ゴンザのカギ」を入手。
■「ゴンザのカギ」で箱を開け、「わざマシン30（シャドーボール）」を入手。

⇒26
■あらくれもののザクスカとバトル。
■ヘルゴンザの協力で入口のガードマンを突破。
■4Fでシャドー戦闘員のワグチを倒し、「かいじょレバー」を入手。
⇒27
■屋上で研究員を倒し、「かいじょレバー」でコントロールマシンの電圧を上げる。
■異変に気付いて現れたシャドー戦闘員のスグルとバトル。
■シャドー幹部のゴリガンとバトル。
■モニターに映し出されたデスゴルド総帥の話から、シャドーの本拠地が判明。
■ゴリガンが退散後、「製造リスト」を入手。
■ダーク・カイリューが工場から盗まれる。
⇒28

⇒29
■パーツショップのルースと話し、メカ・カイオーガの発進準備をしてもらう。

■クレイン所長に地下室を開けてもらい、「マスターボール」を入手。

■桟橋でメカ・カイオーガに乗船。

⇒30
■基地1Fでシャドー幹部のラブリナとバトル。
⇒31
■ドーム入口でシャドー幹部のワズルとバトル。直通エレベーターが使用可能になる。
■ドーム入口でシャドー幹部のアルドスとバトル。
■ドーム1Fでシャドー総帥を発見するが、ガラスの壁に進路を阻まれる。
■ドーム入口でシャドー幹部のゴリガンとバトル。エレベーターが使用可能になる。
■ドーム1Fでシャドー幹部のエルデスとバトル。
⇒32
■ドーム2Fでシャドー総帥のデスゴルドとバトル。XD001ことダーク・ルギアをスナッチし、デスゴルドを倒す。

■スタッフロール

⇒AE01
■ローガンからメールが届き、研究所の外で伝説のトレーナーのローガンとバトル。全体マップに“オーレコロシアム”が追加される。

⇒AE02
■ダーク・カイリューを除くすべてのダークポケモンをスナッチしたあとに訪れると、ミラーボレーダーが反応。灯台の屋上でさすらいのミラーボと戦い、ダーク・カイリューをスナッチ。

⇒AE03
■コロシアム1回戦を優勝すると、セツマからメールが届く。
⇒AE04

⇒AE05
■ポケモンの声が出なくなる事件が発生。
⇒AE06
■ポケモンの声をすべて取り戻したあとでローガンの家を訪ね、セツマから「しあわせタマゴ」を入手。

⇒AE07

⇒AExx